Sau cuộc di tản của Big Boss và Kazuhira Miller từ Căn cứ Mẹ bị bao vây, một lỗ sâu mở ra trên bầu trời và nuốt chửng nhà máy ngoài khơi cũng như những quân nhân Militaires Sans Frontières còn lại. Những người lính được vận chuyển đến một thực tế thay thế cùng với phần còn lại của Căn cứ Mẹ, để rồi phát hiện ra thế giới này chứa đầy sự thù địch, những thực thể trông giống như zombie kết tinh được gọi là chủng "sinh vật".[1] Mục tiêu của họ là tìm cho ra nguyên vật liệu và làm bất cứ điều gì để có thể quay trở lại thế giới của riêng họ.